Mit aktuell 27 Verkaufsstellen in sieben Bundesländern hat Alnatura das dichteste Netz unter den der Bio-Filialisten. Sechs neue Filialen kamen im vergangenen Geschäftsjahr hinzu. Drei Eröffnungen in Frankfurt, Hamburg und Konstanz sind für das erste Quartal 2007 geplant. Insgesamt 16 Märkte wurden seit März 2006 umgebaut und dem neuen Ladenbild angepasst. Flächenbereinigt stieg der Umsatz der Super Natur Märkte um acht Prozent.
 
An den jeweiligen Standorten hat die Kooperation mit regionalen Landwirten auch im kommenden Geschäftsjahr einen wichtigen Stellenwert. In jedem Markt ist bereits ein Grundsortiment regionaler Bio-Produkte zu finden: Saisonales Obst und Gemüse stammen von Bio-Höfen aus der Umgebung der Filialen, alle frischen Backwaren werden von regionalen Bio-Bäckern geliefert. Zur Unterstützung der heimischen Bio-Milchbauern beteiligte sich Alnatura im September an einer Initiative für faire Milchpreise. Deshalb erhöhte das Unternehmen den Milch-Auszahlungspreis an die Bauern für die Alnatura Bio-Frischmilch um 15 Prozent auf 40 Cent je Liter. „Unsere Kunden können mit dem Kauf der etwas teureren, aber fair gehandelten Milch einen Beitrag zur Erhaltung der bäuerlichen Bio-Landwirtschaft leisten", so Götz Rehn.
 
Auch der zweite Geschäftsbereich, der Vertrieb von Bio-Lebensmitteln unter der eigenen Marke über filialisierte Handelspartner,  wurde ausgebaut: Das Sortiment wurde um 158 neue Artikel auf 670 erweitert. 16 Produkte von Alnatura erhielten im letzten Jahr Bestnoten von Ökotest oder Stiftung Warentest. Verkauft werden die Bio-Markenprodukte in den rund 2.450 Filialen verschiedener Handelspartner im In- und Ausland: Hierzu gehören die dm-Drogeriemärkte in Deutschland und Österreich, tegut, Budni im Raum Hamburg, die Hit-Filialen der Handelsgruppe Dohle, Feneberg im Allgäu, die Märkte Famila, Combi der Handelsgruppe Bünting, Cactus in Luxemburg sowie seit April 2006 die Coma-Märkte im Emsland.
 
Das Unternehmen hat im letzten Geschäftsjahr mehr als 150 neue Arbeitsplätze im Einzelhandel schaffen. Auch die Zahl der Lehrlinge hat sich erhöht: Derzeit erlernen 45 junge Leute ihren Beruf. Dieser hohe Anspruch an die fachliche und persönliche Weiterentwicklung spiegelt sich in einem Projekt, das im Januar 2007 in einem Hamburger Alnatura Markt durchgeführt wird: Eine Woche lang organisieren die Lehrlinge und BA-Studenten eigenverantwortlich alle Geschäftsabläufe und erleben so hautnah, was es bedeutet, Führungsverantwortung zu übernehmen.
 
„Sinnvoll für Mensch und Erde" ist für Alnatura nicht nur Handelsmaxime im Alltag, sondern auch Ausdruck des Engagements für die ökologische Landwirtschaft und verschiedene Bildungs- und Forschungsprojekte: Zum Beispiel engagiert sich das Unternehmen für ein ganzheitlich orientiertes Wirtschaftsstudium an der Alanus-Hochschule in Alfter bei Bonn. Der weltweit einzigartige Studiengang startete im Oktober mit 35 Bachelor-Studierenden und verbindet wirtschaftswissenschaftliche Inhalte mit einem Studium Generale der Kunst- und Kulturwissenschaften, künstlerischen Übungen sowie mehreren Praxisphasen in einem ausgewählten Unternehmen. Alnatura ist Praxispartner für jährlich zwei der Wirtschaftsstudenten.
 
In einem weiteren Bildungsprojekt und in Kooperation mit dem Frankfurter Städel Museum unterstützt Alnatura die Ausstellung „Gärten: Ordnung, Inspiration, Glück". Bis zum 11. März 2007 werden im Städel mehr als 200 Werke namhafter Künstler aus sechs Jahrhunderten gezeigt. In den Alnatura Super Natur Märkten ist dazu passend statt der üblichen Weihnachtsdekoration ein Gartenmotiv von Claude Monet zu sehen:auf verschiedenen Tees, biologisch-dynamischem Saatgut, Geschenkboxen, Einkaufstaschen und Postkarten. Im Februar 2007 startet außerdem eine Malaktion, die Kindern einen behutsamen Umgang mit der Natur vermitteln soll.