Naturfarben werden aus Rohstoffen hergestellt, die die Natur liefert. Und so ist es auch bei den Farben der bunten Bio-Ostereier der Erzeugerge­mein­schaft. Eisenoxide sind die Grundlage für die gelbe, rote und leicht grünliche Färbung auf den Eiern. Eisenoxid hat zwar eine E-Num­mer (E172), ist aber im konventionellen Bereich ohne Einschränkungen für die Lebens­mittelfärbung zugelassen. Es ist nicht einmal mit einem so genann­ten ADI-Wert (Verzehrmenge in Milligramm pro Kilogramm Körpergewicht) ausge­zeichnet. Die Verbraucher Initiative e.V. Berlin schreibt auf ihrer Web-Seite über E172 "Eisenoxide werden nicht vom Körper aufgenom­men-" und sie "-gelten als unbedenklich". In der EU-Bio-Verordnung ist diese naturiden­ti­sche Erdfarbe für Lebensmittel nicht verzeichnet, darf aber in Bio-Kosme­tik­produkten verwendet werden. 

Die bunten Ostereier der Erzeugergemeinschaft wurden jahrelang mit diesem unbedenklichen Farbstoff gefärbt. Die Erdfarbe wurde durch Hydrolyse von metallischem Eisen hergestellt. Das daraus gewonnene Eisenoxid wurde durch Erhitzung auf den gewünschten Farbton und in einer Airbrush-Technik auf die Schale des Eis gebracht. Zur Versiegelung des Eies, eine wichtige Voraussetzung, um die Haltbarkeit zu gewährleisten, wurde natürliches Kopalharz eingesetzt. Ein Pflanzenharz aus in Afrika, Asien und Südamerika beheimateten Bäumen. Beide Komponenten sind wasserunlöslich und können damit nicht durch die Schale in das Ei dringen.

Durch das Inkrafttreten der überarbeiteten EU-Bio-Verordnung am 1.12.2007 wurde durch das Fehlen von Farben für die Bio-Eierfärbung das Eierfärben im Handelsbereich, also mit Farbe und Versiegelung für die Haltbarkeit, verboten. Die von der Erzeugergemeinschaft daraufhin angestrebte Lösung, mit "Annatto", einem Farbstoff, der in der EU-Bio-VO bereits für Käse zugelassen ist, zu färben und so zumindest gelbe Eier vermarkten zu können, wurde ebenfalls eine Absage erteilt. Der gelbe Farbstoff (E160b) darf laut Verordnung zwar zum Färben von Rotem Leicester-Käse, Double-Gloucester-Käse, Schotti­schem Cheddar und Mimolette-Käse verwendet werden, also zum Färben von Bio-Lebens­mitteln, bei denen die Farbe direkt verzehrt wird, aber nicht zum Färben von Eierschalen. "Annatto" hat einen ADI-Wert von 1,5 mg/kg Körper­gewicht. Ist also nicht so unbedenklich wie das bisher verwendete Eisenoxid.

Johannes Enzler, Leiter der Kontrollbehörde für den ökologischen Landbau in Bayern, der für die Einhaltung des Färbeverbots für Boieier zuständig ist, wies in einem Interview darauf hin, dass Farbstoffe wie Erythrosin, ein roter Farbstoff, der zum Färben von konventionellen Ostereiern nur noch eingeschränkt zugelassen ist, Allergien verursachen können und im Verdacht stehen krebserregend zu sein. Allerdings wollen Erzeuger von bunten Bioeiern ja nur einen einzigen Farbstoff, nämlich Eisenoxid E172, und das Kopalharz in den Anhang VI der EU-Bio-VO aufgenommen wissen. Und diese beiden Stoffe sind nachweislich unbedenklich, wenn auch nicht auszuschließen ist, dass empfindliche Personen allergisch darauf reagieren können. Aber das können Menschen auch auf Honig oder Milch.